Kondo Isami, chỉ huy lực lượng bảo vệ Mạc phủ Shinsengumi, đối mặt với quân lính Tosa (đặc biệt "Xich hùng" (赤熊, Shaguma) từ bộ tóc giả của các sĩ quan) trong Trận Kōshū-Katsunuma.Một phần hạm đội của Enomoto Takeaki ngoài khơi Shinagawa. Từ trái sang phải: Mikaho, Chōgei, Kanrin, Kaiyō, Kaiten. Banryū và Chiyodagata vắng mặt, ảnh năm 1868.

Bắt đầu vào tháng 2, với sự giúp đỡ của đại sứ Pháp là Léon Roches, một kế hoạch được thảo ra để chặn đứng bước tiến của triều đình tại Odawara, cứ điểm chiến lược cuối cùng trên đường đến Edo, nhưng Keiki chống lại kế hoạch này. Bị sốc, Léon Roches từ nhiệm. Vào đầu tháng 3, dưới ảnh hưởng từ công sứ Anh là Harry Parkes, các nước ký một bản hiệp định trung lập nghiêm ngặt, theo đó họ không thể can thiệp hay trợ giúp quân sự cho cả hai phía cho đến khi giao tranh kết thúc.[35]

Saigō Takamori dẫn đội quân chiến thắng tiến lên phía Bắc và phía Đông Nhật Bản, đánh thắng trận Kōshū-Katsunuma. Ông cuối cùng bao vây Edo tháng 5 năm 1868, khiến Katsu Kaishu, chỉ huy quân sự của Shōgun, phải đầu hàng không điều kiện.[36] Một số đội quân tiếp tục kháng cự sau sự đầu hàng này và bị đánh bại trong trận Ueno.

Trong khi đó, chỉ huy hải quân của Shōgun, Enomoto Takeaki, từ chối đầu hàng. Ông chỉ gửi đến 4 tàu, trong số đó có tàu Fujisan, nhưng sau đó ông đào thoát về phía Bắc với dư đảng Hải quân Shōgun (8 tàu chiến hơi nước: Kaiten, Banryū, Chiyodagata, Chōgei, Kaiyō Maru, Kanrin Maru, Mikaho và Shinsoku), cùng 2.000 binh lính hải quân, với hy vọng thiết lập căn cứ cho cuộc phản công cùng với các daimyō phương Bắc. Ông cộng tác với một số cố vấn quân sự Pháp, đáng chú ý có Jules Brunet, người đã rời khỏi quân đội Pháp để có thể cộng tác với quân nổi loạn.[37]